Giá đất BĐS được trừ để tính thuế GTGT được quy định cụ thể như sau:

1/ Trường hợp được Nhà nước giao đất để đầu tư cơ sở hạ tầng xây dựng nhà để bán, giá đất được trừ để tính thuế GTGT bao gồm tiền sử dụng đất phải nộp ngân sách nhà nước (không kể tiền sử dụng đất được miễn, giảm) và chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy định pháp luật.

Ví dụ 35: Năm 2014 Công ty kinh doanh bất động sản A được Nhà nước giao đất để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng xây dựng nhà để bán. Tiền sử dụng đất phải nộp (chưa trừ tiền sử dụng đất được miễn giảm, chưa trừ chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt) là 30 tỷ đồng. Dự án được giảm 20% số tiền sử dụng đất phải nộp. Số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án đã được duyệt là 15 tỷ đồng.

Tổng giá trị đất được trừ được xác định như sau:

- Tiền sử dụng đất được miễn giảm là: 30 tỷ x 20% = 6 tỷ (đồng);

- Tiền sử dụng đất phải nộp ngân sách nhà nước (không kể tiền sử dụng đất được miễn, giảm) là: 30 tỷ - 6 tỷ - 15 tỷ = 9 tỷ (đồng);

- Tổng giá đất được trừ để tính thuế GTGT bao gồm tiền sử dụng đất phải nộp ngân sách nhà nước (không kể tiền sử dụng đất được miễn, giảm) và chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng là: 9 tỷ + 15 tỷ = 24 tỷ (đồng). Tổng giá đất được trừ được phân bổ cho số m² đất được phép kinh doanh.

2/ Trường hợp đấu giá quyền sử dụng đất của Nhà nước, giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá đất trúng đấu giá.

3/ Trường hợp thuê đất để đầu tư cơ sở hạ tầng để cho thuê, xây dựng nhà để bán, giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là tiền thuê đất phải nộp ngân sách nhà nước (không bao gồm tiền thuê đất được miễn, giảm) và chi phí đền bù, giải phóng mặt bằng theo quy định pháp luật. Riêng trường hợp thuê đất xây dựng nhà để bán, kể từ ngày 01/7/2014 thực hiện theo quy định tại Luật Đất đai năm 2013.

Ví dụ 36: Công ty cổ phần VN-KR có ngành nghề kinh doanh đầu tư, kinh doanh hạ tầng sản xuất công nghiệp và dịch vụ. Công ty được Nhà nước cho thuê đất, thu tiền thuê đất 1 lần để đầu tư xây dựng hạ tầng khu công nghiệp để thực hiện dự án; thời hạn thuê đất là 50 năm. Diện tích đất thuê là 300.000 m², giá thu tiền thuê đất nộp một lần cho cả thời gian thuê là 82.000đ/ m². Tổng số tiền thuê đất phải nộp là 24,6 tỷ đồng. Công ty không được miễn, giảm tiền thuê đất. Sau khi đầu tư xây dựng hạ tầng, Công ty ký hợp đồng cho nhà đầu tư thuê lại với thời gian thuê là 30 năm, diện tích đất cho thuê là 16.500 m², đơn giá cho thuê tại thời điểm ký hợp đồng là 650.000đ/m² cho cả thời gian thuê, giá đã bao gồm thuế GTGT).

Giá đã có thuế GTGT đối với tiền thu từ cho thuê hạ tầng trong cả thời gian cho thuê (30 năm) đối với Công ty cổ phần VN-KR cho nhà đầu tư thuê được xác định là:

16.500 m² x (650.000 – (82.000đ/m² : 50 năm x 30 năm)) = 9,9132 tỷ đồng.

Giá chưa có thuế GTGT được xác định là:  9,9132 / 1+ 10% = 9,012 tỷ đồng.

Thuế GTGT là: 9,012  x 10% = 0,9012 tỷ đồng.

4/ Trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng (nếu có); cơ sở kinh doanh không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng đã tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT.

Nếu giá đất được trừ không bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào của cơ sở hạ tầng chưa tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp không xác định được giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá đất do Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm ký hợp đồng nhận chuyển nhượng.

Ví dụ 37: Tháng 8/2013 Công ty A nhận chuyển nhượng (mua) 200m² đất của cá nhân B ở Khu dân cư Bình An thuộc tỉnh X với giá chuyển nhượng là 6 tỷ đồng. Công ty A có hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất có công chứng phù hợp với quy định của pháp luật về đất đai, chứng từ thanh toán tiền cho cá nhân B số tiền 6 tỷ đồng. Công ty A không đầu tư xây dựng gì trên mảnh đất này. Tháng 10/2014, Công ty A chuyển nhượng mảnh đất mua từ cá nhân B nêu trên với giá 9 tỷ đồng (bán lại với giá 9 tỷ đồng) thì Công ty A thực hiện lập hóa đơn GTGT và kê khai, nộp thuế GTGT, giá đất được trừ trong giá tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng (6 tỷ đồng).

Ví dụ 38: Tháng 11/2013, Công ty TNHH A nhận chuyển nhượng 300m² đất kèm theo nhà xưởng trên đất của cá nhân B với trị giá là 10 tỷ đồng và không có đủ hồ sơ giấy tờ để xác định giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng. Đến tháng 4/2014 Công ty TNHH A chuyển nhượng 300m² đất này kèm nhà xưởng trên đất với trị giá là 14 tỷ đồng thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá đất do Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm nhận chuyển nhượng (tháng 11/2013).

Ví dụ 39:

Tháng 9 năm 2013 Công ty B mua 2000 m² đất đã có một phần cơ sở hạ tầng từ Công ty kinh doanh bất động sản A tổng giá thanh toán là 62 tỷ đồng (trong đó giá đất không chịu thuế GTGT là 40 tỷ đồng, đơn giá là 20 triệu đồng/1m²).

Trên hoá đơn Công ty A ghi:

- Giá chuyển nhượng chưa có thuế GTGT: 60 tỷ đồng

- Giá đất không chịu thuế GTGT: 40 tỷ đồng

- Thuế GTGT đối với cơ sở hạ tầng: 2 tỷ đồng

- Tổng giá thanh toán: 62 tỷ đồng

Công ty A phải kê khai thuế GTGT phải nộp như sau:

Thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra - Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Giả sử thuế GTGT đầu vào để xây dựng cơ sở hạ tầng của Công ty A là 1,5 tỷ đồng đủ điều kiện để khấu trừ thì:

Thuế GTGT phải nộp = 2 tỷ - 1,5 tỷ = 0,5 tỷ (đồng)

Công ty B tiếp tục xây dựng cơ sở hạ tầng và xây dựng 10 căn biệt thự (diện tích sàn 200 m²/biệt thự) để bán. Tổng số thuế GTGT đầu vào để xây biệt thự là 3 tỷ đồng.

Ngày 01/4/2015, Công ty B ký hợp đồng bán 01 căn biệt thự cho khách hàng C, giá chuyển nhượng 01 căn biệt thự chưa có thuế GTGT là 10 tỷ đồng, giá đất được trừ khi xác định giá tính thuế GTGT đối với 01 căn biệt thự bán ra:

 - Giá trị quyền sử dụng đất (chưa bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng) tại thời điểm nhận chuyển nhượng từ Công ty A cho 01 căn biệt thự  là: 20 triệu x 200 m² = 4 tỷ (đồng)

- Giá trị cơ sở hạ tầng phân bổ cho 01 căn biệt thự là:

(20 tỷ : 2000 m²) x 200 m² = 2 tỷ (đồng)

- Giá trị quyền sử dụng đất (bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng) tại thời điểm nhận chuyển nhượng từ Công ty A được trừ khi xác định giá tính thuế của 01 căn biệt thự bán ra là: 6 tỷ đồng.

Trên hoá đơn Công ty B ghi:

- Giá chuyển nhượng 01 căn biệt thự: 10 tỷ đồng

- Giá đất được trừ không chịu thuế GTGT: 6 tỷ đồng

- Thuế GTGT là 0,4 tỷ đồng [(10 tỷ - 6 tỷ) x 10%]

- Tổng giá thanh toán: 10,4 tỷ đồng

Giả sử trong tháng Công ty B bán hết 10 căn biệt thự. Khi Công ty B kê khai, nộp thuế GTGT, số thuế GTGT phải nộp = số thuế GTGT đầu ra - số thuế đầu vào được khấu trừ = 0,4 tỷ x 10 căn - 3 tỷ = 1 tỷ (đồng).

Tiền thuế GTGT đối với giá trị cơ sở hạ tầng ghi trên hoá đơn nhận chuyển nhượng từ Công ty A đối với 10 biệt thự là 2 tỷ đồng không được kê khai, khấu trừ.

Trường hợp Công ty B xác định giá trị quyền sử dụng đất không bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng tại thời điểm nhận chuyển nhượng từ Công ty A được trừ khi xác định giá tính thuế của 01 căn biệt thự bán ra là 4 tỷ đồng. Trên hoá đơn Công ty B ghi:

- Giá chuyển nhượng 01 căn biệt thự: 10 tỷ đồng

- Giá đất được trừ không chịu thuế GTGT: 4 tỷ đồng

- Thuế GTGT là 0,6 tỷ đồng [(10 tỷ - 4 tỷ) x 10%]

- Tổng giá thanh toán: 10,6 tỷ đồng

Giả sử trong tháng 4/2015, Công ty B bán hết 10 căn biệt thự. Khi Công ty B kê khai, nộp thuế GTGT, số thuế GTGT phải nộp = số thuế GTGT đầu ra - số thuế đầu vào được khấu trừ (gồm thuế GTGT đầu vào để xây biệt thự và thuế GTGT đầu vào đối với giá trị cơ sở hạ tầng) = 0,6 tỷ đồng x 10 căn biệt thự - 3 tỷ đồng - 2 tỷ đồng (thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng) = 1 tỷ đồng.

5/ Trường hợp cơ sở kinh doanh bất động sản thực hiện theo hình thức xây dựng - chuyển giao (BT) thanh toán bằng giá trị quyền sử dụng đất thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá tại thời điểm ký hợp đồng BT theo quy định của pháp luật; nếu tại thời điểm ký hợp đồng BT chưa xác định được giá thì giá đất được trừ là giá để thanh toán công trình do Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh quyết định theo quy định của  pháp luật.

Ví dụ 40: Công ty cổ phần P ký hợp đồng BT với UBND tỉnh A về việc xây dựng cầu đổi lấy giá trị đất; giá thanh toán công trình được UBND tỉnh A xác định tại thời điểm ký hợp đồng theo quy định của pháp luật là 2.000 tỷ đồng, đổi lại Công ty cổ phần P được UBND tỉnh A giao cho 500 ha đất tại huyện Y thuộc địa bàn tỉnh. Công ty cổ phần P sử dụng 500 ha đất để xây nhà để bán thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT được xác định là 2.000 tỷ đồng.

6/ Trường hợp doanh nghiệp kinh doanh bất động sản có nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp của người dân theo hợp đồng chuyển nhượng, sau đó được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng sang thành đất ở để xây dựng chung cư, nhà ở... để bán thì giá đất được trừ khi tính thuế GTGT là giá đất nông nghiệp nhận chuyển nhượng từ người dân và các chi phí khác bao gồm: khoản tiền sử dụng đất nộp NSNN để chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở, thuế thu nhập cá nhân nộp thay người dân có đất chuyển nhượng (nếu các bên có thỏa thuận doanh nghiệp kinh doanh bất động sản nộp thay).

7/ Trường hợp xây dựng nhà nhiều tầng nhiều hộ ở, nhà chung cư để bán thì giá đất được trừ tính cho 1m² nhà để bán được xác định bằng giá đất được trừ theo quy định từ điểm a.1 đến a.6 nêu trên chia (:) số m² sàn xây dựng không bao gồm diện tích dùng chung như hành lang, cầu thang, tầng hầm, công trình xây dựng dưới mặt đất.

 8/ Trường hợp cơ sở kinh doanh nhận góp vốn bằng quyền sử dụng đất của tổ chức, cá nhân theo quy định của pháp luật thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là giá ghi trong hợp đồng góp vốn. Trường hợp giá chuyển nhượng quyền sử dụng đất thấp hơn giá đất nhận góp vốn thì chỉ được trừ giá đất theo giá chuyển nhượng .

9/ Trường hợp cơ sở kinh doanh bất động sản ký hợp đồng với hộ gia đình, cá nhân có đất nông nghiệp để hoán đổi đất nông nghiệp thành đất ở, việc hoán đổi này phù hợp với quy định của pháp luật về đất đai thì khi giao đất ở cho các hộ gia đình, cá nhân, giá tính thuế GTGT là giá chuyển nhượng trừ (-) giá đất được trừ theo quy định. Giá chuyển nhượng là giá đền bù tương ứng với diện tích đất nông nghiệp bị thu hồi theo phương án do cơ quan chức năng phê duyệt.”

* Trường hợp xây dựng, kinh doanh cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, chuyển nhượng hoặc cho thuê, giá tính thuế GTGT là số tiền thu được theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng trừ (-) giá đất được trừ tương ứng với tỷ lệ % số tiền thu được trên tổng giá trị hợp đồng.