Theo khoản 5, Điều 6 Thông tư 68, việc áp dụng hóa đơn điện tử, phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử đối với một số trường hợp cụ thể theo yêu cầu quản lý được hướng dẫn như sau:

1/ Trường hợp nhận nhập khẩu hàng hóa uỷ thác, nếu cơ sở kinh doanh nhận nhập khẩu ủy thác đã nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) ở khâu nhập khẩu, thì sử dụng hóa đơn điện tử khi trả hàng cho cơ sở kinh doanh ủy thác nhập khẩu. Nếu chưa nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, khi xuất trả hàng nhập khẩu uỷ thác, cơ sở nhận ủy thác lập phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử theo quy định làm chứng từ lưu thông hàng hóa trên thị trường.

2/ Với trường hợp uỷ thác xuất khẩu hàng hóa, khi xuất hàng giao cho cơ sở nhận xuất uỷ thác, cơ sở có hàng hóa uỷ thác xuất khẩu sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử.

Khi hàng hóa đã thực xuất khẩu có xác nhận của cơ quan hải quan, căn cứ vào các chứng từ đối chiếu, xác nhận về số lượng, giá trị hàng hóa thực tế xuất khẩu của cơ sở nhận uỷ thác xuất khẩu, cơ sở có hàng hóa uỷ thác xuất khẩu lập hóa đơn điện tử GTGT để kê khai nộp thuế, hoàn thuế GTGT, hoặc hóa đơn điện tử bán hàng. Cơ sở nhận uỷ thác xuất khẩu sử dụng hóa đơn điện tử GTGT, hoặc hóa đơn điện tử bán hàng để xuất cho khách hàng nước ngoài.

3/ Cơ sở kinh doanh có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (kể cả cơ sở gia công hàng hóa xuất khẩu) khi xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ sử dụng hóa đơn GTGT điện tử, hoặc hóa đơn bán hàng điện tử.

Khi xuất hàng hóa để vận chuyển đến cửa khẩu hay đến nơi làm thủ tục xuất khẩu, cơ sở sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử theo quy định làm chứng từ lưu thông hàng hóa trên thị trường. Sau khi làm xong thủ tục cho hàng hóa xuất khẩu, cơ sở lập hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn bán hàng cho hàng hóa xuất khẩu.

4/ Tổ chức kinh doanh kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ xuất điều chuyển hàng hóa cho các cơ sở hạch toán phụ thuộc như các chi nhánh, cửa hàng ở khác địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương) để bán hoặc xuất điều chuyển giữa các chi nhánh, đơn vị phụ thuộc với nhau; xuất hàng hóa cho cơ sở nhận làm đại lý bán đúng giá, hưởng hoa hồng, căn cứ vào phương thức tổ chức kinh doanh và hạch toán kế toán, cơ sở có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hóa đơn, chứng từ như sau:

Sử dụng hóa đơn điện tử GTGT để làm căn cứ thanh toán và kê khai nộp thuế GTGT ở từng đơn vị và từng khâu độc lập với nhau; sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử đối với hàng hóa xuất  cho cơ sở làm đại lý.

Trường hợp các đơn vị phụ thuộc của cơ sở kinh doanh nông, lâm, thủy sản đã đăng ký, thực hiện kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, có thu mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản để điều chuyển, xuất bán về trụ sở chính của cơ sở kinh doanh thì khi điều chuyển, xuất bán, đơn vị phụ thuộc sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử, không sử dụng hóa đơn điện tử GTGT.

5/ Xuất hàng hóa đi để gia công

6/ Tổ chức, cá nhân xuất hàng hóa bán lưu động sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử theo quy định, khi bán hàng lập hóa đơn điện tử theo quy định.

7/ Trường hợp góp vốn bằng tài sản của tổ chức, cá nhân kinh doanh tại Việt Nam để thành lập doanh nghiệp thì không phải lập hóa đơn mà sử dụng các chứng từ biên bản chứng nhận góp vốn, biên bản giao nhận tài sản, biên bản định giá tài sản kèm theo bộ hồ sơ về nguồn gốc tài sản.

8/ Trường hợp điều chuyển tài sản giữa các đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc trong tổ chức; tài sản điều chuyển khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp thì tổ chức có tài sản điều chuyển phải có lệnh điều chuyển tài sản, kèm theo bộ hồ sơ nguồn gốc tài sản và không phải lập hóa đơn.

Trường hợp tài sản điều chuyển giữa các đơn vị hạch toán độc lập hoặc giữa các đơn vị thành viên có tư cách pháp nhân đầy đủ trong cùng một tổ chức, thì tổ chức có tài sản điều chuyển phải lập hóa đơn điện tử như bán hàng hóa.