Theo quy định tại Khoản 20 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC Hàng hóa quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam theo đúng quy định của pháp luật thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT

+ Tại Điều 241,242 Luật Thương mại số 36/2005/QH11 ngày 14/6/2005 quy định quá cảnh hàng hóa:

“Điều 241. Quá cảnh hàng hóa

Quá cảnh hàng hóa là việc vận chuyển hàng hóa thuộc sở hữu của tổ chức, cá nhân nước ngoài qua lãnh thổ Việt Nam, kể cả việc trung chuyển, chuyển tải, lưu kho, chia tách lô hàng, thay đổi phương thức vận tải hoặc các công việc khác được thực hiện trong thời gian quá cảnh.”

+ Tại Điều 242 quy định quyền quá cảnh hàng hóa:

“Điều 242. Quyền quá cảnh hàng hóa
…
3. Tổ chức, cá nhân nước ngoài muốn quá cảnh hàng hoá qua lãnh thổ Việt Nam phải thuê thương nhân Việt Nam kinh doanh dịch vụ quá cảnh thực hiện, trừ trường hợp quy định tại khoản 4 Điều này.

4. Việc tổ chức, cá nhân nước ngoài tự mình thực hiện quá cảnh hàng hóa qua lãnh thổ Việt Nam, thuê thương nhân nước ngoài thực hiện quá cảnh hàng hóa qua lãnh thổ Việt Nam được thực hiện theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên và phải tuân thủ quy định của pháp luật Việt Nam về xuất cảnh, nhập cảnh và giao thông vận tải.”

+ Tại Khoản 20 Điều 4 quy định đối tượng không chịu thuế GTGT:

“20. Hàng hóa chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam: hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu; hàng tạm xuất khẩu, tái nhập khẩu; nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất; gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài.

Hàng hóa, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau.

Khu phi thuế quan bao gồm: khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho bảo thuế, khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập và được hưởng các ưu đãi về thuế như khu phi thuế quan theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ. Quan hệ mua bán trao đổi hàng hóa giữa các khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.

…”

Theo đó:

- Trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài sử dụng kho ngoại quan, cảng nội địa (ICD) làm kho hàng hóa để phụ trợ cho hoạt động vận tải quốc tế, quá cảnh, chuyển khẩu, lưu trữ hàng thuộc đối tượng không áp dụng Thông tư 103/2014/TT-BTC hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế áp dụng đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam. Tổ chức, cá nhân nước ngoài (nhà thầu nước ngoài) có phát sinh thu nhập từ việc chuyển quyền sở hữu hàng hóa theo hình thức quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam theo quy định pháp luật thì không phải chịu thuế GTGT và thuế TNDN đối với nhà thầu nước ngoài theo quy định tại Khoản 5 Điều 2 Thông tư 103/2014/TT-BTC.

- Trường hợp Công ty mua hàng hóa của tổ chức nước ngoài và hàng hóa được tổ chức nước ngoài nhập vào kho ngoại quan rồi bán cho Công ty tại kho ngoại quan. Công ty nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu với cơ quan hải quan; tổ chức nước ngoài thuộc đối tượng chịu thuế nhà thầu theo quy định . Nhà thầu nước ngoài chỉ phải chịu thuế TNDN tại Việt Nam, Công ty có trách nhiệm khấu trừ, kê khai, nộp thay thuế nhà thầu cho tổ chức nước ngoài theo quy định.
Tham khảo công văn 315/CT-TTHT của cục thuế Long An

Công thức xác định doanh thu tính thuế TNDN

Thuế TNDN = Doanh thu tính thuế TNDN) x (Tỷ lệ (%) tính thuế TNDN

Hạch toán  

+ Nợ phải trả nhà thầu nước ngoài:

Nợ TK 627, 642: Giá trị hợp đồng.
       Có TK 331 Giá trị hợp đồng -  Số thuế thu nhập doanh nghiệp nộp thay
       Có TK 338 Số thuế thu nhập doanh nghiệp nộp thay

+ Khai thuế ( theo dõi chưa hạch toán)

+ Khi nộp thuế
Nợ TK 338: Số thuế thu nhập doanh nghiệp nộp thay 
       Có TK 112.  bằng  số thuế thu nhập doanh nghiệp nộp thay